يمثل قسم الأحياء المجهرية تكاملاً فريداً بين العلوم الأساسية والتطبيقية، حيث يعالج مجالات حيوية مثل الصحة، وعلم الأحياء الجزيئي، والتكنولوجيا الحيوية، وعلم المناعة، والأمراض المعدية، والأحياء الدقيقة للمياه، والأحياء الدقيقة للأغذية، وعلم الوراثة. كعلم بيولوجي تطبيقي، يتعامل قسم الأحياء المجهرية في معهد كيسر مع دور الميكروبات في صحة الإنسان، والتحلل الحيوي، وإنتاج الطاقة الحيوية، وصناعات الأغذية، وكيفية تفاعل هذه الكائنات مع البشر والكائنات الحية الأخرى والبيئة بطرق مفيدة وضارة.
يتألف قسم الأحياء المجهرية من باحثين متعدد التخصصات يمتلكون خبرات في مجالات مثل السرطان، والتكنولوجيا الحيوية، وعلم المناعة، والبكتيريا، والأحياء الدقيقة للأغذية، والأحياء الدقيقة للمياه، والتلوث، وعلم الأحياء الجزيئي، ومراقبة جودة الأغذية، وعلم الوراثة. يضم القسم أعضاء هيئة تدريس يحملون أبحاثاً وجوائز مرموقة تركز على الدراسات الأساسية والتطبيقية المتعلقة بالأمراض المعدية، والتمثيل الغذائي الميكروبي، وعلم الوراثة الميكروبية، وصحة الإنسان، ومقاومة المضادات الحيوية، والبيئة.